Die Große Sumpfschnecke kann nur anatomisch sicher von den anderen Vertretern der Gattung Stagnicola unterschieden werden. Charakteristisch sind der sich zur Einmündung in die Vagina hin verdickende Stiel der Samenaufbewahrungstasche sowie viele (mehr als zwei) Prostatafalten.

Die Dunkle Sumpfschnecke kann nur anatomisch anhand ihrer zwei Prostatafalten sicher von den beiden übrigen einheimischen Sumpfschneckenarten unterschieden werden.

Von den beiden anderen in Sachsen derzeit nachgewiesenen Stagnicola-Arten – der Großen Sumpfschnecke (S. corvus) und der Dunklen Sumpfschnecke (S. fuscus) – unterscheidet sich die Gemeine Sumpfschnecke hauptsächlich durch das Vorhandensein nur einer einzigen Prostatafalte. Dies ist leider ein Bestimmungsmerkmal, was eine Erkennung im Gelände unmöglich macht. Deshalb müssen Sumpfschnecken für die Bestimmung immer lebend gesammelt, in 70%igem Alkohol abgetötet und anatomisch untersucht werden.