Die maximal 3,2 mm langen und 1,5 mm breiten schildförmigen Gehäuse der Flachen Septenmützenschnecke weisen eine nach hinten rechts gebogene Spitze auf. Letzteres Merkmal ist bei lebenden Tieren der deutlichste Unterscheid zur Teichnapfschnecke (Acroloxus lacustris), bei der die Gehäusespitze nach hinten links gebogen ist.