Erwachsene Schwarzkopfschnegel werden ausgestreckt etwa 3,5 bis 4,5 cm lang. Von anderen in Sachsen vorkommenden Vertretern der Familie Ackerschnecken (Agriolimacidae) unterscheidet sich die Art durch den schwarzen Fühler- und Kopfbereich, der sich deutlich vom übrigen meist weißlich bis gelblich-blaugrau gefärbten Körper absetzt. Außerdem fehlt beim Schwarzkopfschnegel der Stimulator im Penisinneren.